全国から集まった救出チームのメンバーたちは消毒槽で死を待つばかりの人々を続々と救出していく。意外なほどの順調な進展に拍子抜けするメンバーだったが、脅威はその間隙に襲い来る。一人脱出を試みる玄野、逃走を続ける多恵、報復を誓う桜井。そして攻略の手がかりを見つけた西。ガンツの部屋にも異変が起こり、物語は激転する。戦いは新たな段階へと進む。

「100点到達すると死亡したメンバーを再生できる」事を知った玄野。死んだ仲間たちを復活させるため、決意を新たにミッションに挑む！！　生き残る可能性を上げるため、平時から訓練してきた玄野たちだったが、新たなターゲット「オニ星人」もまた人間同様の知能・言語を有する組織化された集団だった。スーツの弱点すら知る星人たちの強襲にそれぞれの戦いが始まる！！

ガンツの指名したターゲットは小島多恵。玄野派・和泉派の二つに分かれた人対人のバトルはついに、命のやりとりの域に。恋人を守るために、初めて人を殺めてしまう玄野。しかし、奮闘むなしく小島は和泉の刃にかかってしまう…。大切な者を再び失った絶望の淵、だが玄野は100点到達の特典メニューを知る。その中には、「死亡したメンバーを再生させる」項目が…。

人類を急襲し、瞬く間にアメリカを無力化、地上を蹂躙し続ける謎の巨大飛行物体とその主達。大都市を完全に破壊した後、残された人々への個別攻撃を開始した異文明の脅威に為す術もなく屍の山が築かれていく。そんな中、連れ去られた多恵を追って、巨大飛行物体内部に侵入した玄野は、ただ一人で反撃を開始する。多恵に襲い来る過酷な運命に抗えるのか…！？

渋谷で黒服軍団の襲撃を受けた玄野と和泉だが、加勢を拒否する玄野を嘲笑うかのように和泉は単独で黒服軍団を一掃する。一方、日常時に攻撃を受けたことにより、小島に被害が及ぶことを恐れ始めた玄野。そんな折、玄野とアイドルのレイカとの密会が発覚。小島との別離が訪れる。悲しみに耐え、ミッションに挑みつづける玄野。だが、ガンツが表示した標的は…。

遂に再会を果たした玄野と多恵。しかし直後に待ち受けていたのは新たなる転送だった。ハードスーツに身を包み、極大兵器に強制搭乗する戦士達。これが最後のミッション──それは真実か否か、しかして人類の反逆の進軍は開始される。同時刻、ガンツのハッキングに成功した西の思惑。そしてもう一人の玄野の孤独な闘いと身を案じるレイカの想いの行方は…！？

壊滅していく世界を眼前にしつつ生き残りを賭けて多恵と共に移動を始めた玄野。避難場所と決めたホテルでの安息も束の間、すぐに敵の強襲を受けてしまう。多恵を守ろうと抗う玄野だが、終わったはずのガンツの転送が突然始まり見慣れぬ場所に降り立つことに。そこには日本中のガンツチームが集結し、敵母艦への反撃の準備が進んでいた。人類の反逆が始まる。

解放と引き替えにして記憶を無くした玄野を訪れた雑誌ライター。ガンツチームのリーダーとされる人物「くろのけい」を探してきた男が語る意外な事実とは…！？　戸惑う玄野に告げられた襲撃の警告と、帰宅中の和泉を襲う吸血鬼の群。ガンツチームの「最強の2人」が直面する最悪の戦い。その全てが終わるとき、物語は新たなるステージへとフェイズシフトする…！！